Didaktický materiál je zpracován dle zásad badatelsky orientované výuky (BOV). Mikrobiologie 2 navazuje na kurz Mikrobiologie 1, a tudíž vyžaduje základní znalosti o mikroorganismech nutné pro pochopení vzájemných souvislostí. Během kurzu Mikrobiologie 2 získají studenti přehled a bližší informace především o aplikaci mikroorganismů v nejrůznějších oblastech lidské činnosti, ať už se jedná o důležitost mikroorganismů při výrobě potravin - jogurtů či sýrů, tak jejich důležitost při ochraně životního prostředí, především při čištění odpadních vod. Studenti si rovněž osvojí a ověří zajímavé informace týkající se mikroorganismů přítomných uvnitř našeho těla a na jeho povrchu.